| 22 | 斎藤昌幸・矢後勝也・神保宇嗣・倉島 治・伊藤元己 2014. 外来蝶アカボシゴマダラの潜在的生息適地：原産地の標本情報と寄主植物の分布情報を用いた推定. 蝶と蛾 65: 79-87 |
| 21 | 石川 忠、安永智英・伊藤元己 2013. ニセカシワトビカスミカメの59年ぶりの再発見. Rostria 56: 31-32 |
| 20 | 神保宇嗣，吉武啓，伊藤元己2008. DNAバーコーディングによる同定支援システムとJBOLI構想．日本生態学会誌 58, 123-130, 2008 |
| 19 | 長谷川雅美，梨本真，松本吏弓，伊藤元己 2008．エンドユーザーからみたDNAバーコーディング．日本生態学会誌 58, 103 |
| 18 | 伊藤元己，神保宇嗣，吉武啓．DNAバーコーディング ― 新たな生物多様性研究手法．生物の科学「遺伝」61: 42-47. |
| 17 | 伊藤元己．花器官を決めるABCモデル．生物の科学「遺伝」61: 118-121. |
| 16 | 伊藤元己 2000. 島嶼における植物の多様性．岩槻・加藤編「多様性の植物学 １．植物の世界」pp. 148-172. 東大出版会． |
| 15 | 伊藤元己 1996. 島嶼における植物の種分化．岩槻・馬渡編「生物の種多様性」pp. 259-270. 裳華房． |
| 14 | 伊藤元己 1995. 被子植物の花の進化と花形成ホメオティック遺伝子．遺伝49, No. 12, 35-40. |
| 13 | 伊藤元己 1995. ワダンノキ− 大洋島で木になったキク．井上健編「植物の生き残り戦略」pp. 22-31.平凡社． |
| 12 | 伊藤元己 1995. 種分化II, III．岩槻編著「植物と菌の系統と進化」pp. 146-167．日本放送出版協会． |
| 11 | 伊藤元己 1994. 島嶼における植物の種分化．五条堀他編 蛋白質核酸酵素増刊「エボリュ−ション」pp. 2690-2696. |
| 10 | 伊藤元己・副島顕子 1993. 大洋島の植物相と進化 岡田・植田・角野編 植物の自然史 pp. 19-34、北大出版. |
| 9 | 伊藤元己 1993. キク科の分子系統学．プランタ 30: 16-20. |
| 8 | 伊藤元己 1992. 大洋島における植物の適応放散．遺伝別冊Ｎo.4「適応」146-143．掌華房 |
| 7 | 小野幹雄・伊藤元己・豊田武司・小林純子・安井隆弥 1991. 小笠原固有の維管束植物と絶滅危惧種の現状，第２次小笠原諸島自然環境現況調査報告書 1-12. |
| 6 | 伊藤元己 1991. 酵素多型分析の植物学への応用．日本植物分類学会報 8: 91-99. |
| 5 | 伊藤元己 1991. 植物相、小笠原自然環境研究会編「フィールドガイド小笠原の自然」p52-57、古今書院 |
| 4 | 伊藤元己・副島顕子・遠藤千利・小野幹雄 1990. 小笠原諸島での固有種の適応放散−酵素多型から見た分化．小笠原年報 14: 15-20. |
| 3 | 副島顕子、伊藤元己 1987. 京都府および近隣地域におけるイナカギクとシロヨメナの分布と形態的、細胞学的特徴について. 植物分類地理 38：330-338. |
| 2 | 堀田 満、伊藤元己、岡田いすづ 1984. キスゲ属の開花時間とその変異 - 対馬、平戸産のキスゲ（ユウスゲ）を中心に. 植物分類地理 35：84-93. |
| 1 | 伊藤元己 1982. スイレン科の胚と実生について. 植物分類地理 33：143-148. |